サイトの制作によっては、スクリプトファイル、画像、CSSなどをそれぞれ独自の仕様で構成する場合があります。現にこのサイトも共通ディレクトリを作って、画像、SWF、スクリプト、CSSというきりわけをしています。
メリットはというと、単に管理がしやすいということと、ドキュメントルート以下のディレクトリの整理、つまりHTMLによって呼び出されるファイルを一箇所にまとめておくことにあります。